Yersinia Pestis : quand la peste noire a-t-elle vraiment commencé ?

L'image mentale du début de la peste noire en Europe est celle de rats fuyant un navire plein de cadavres et se dirigeant vers la ville en 1347. Mais les rats vivants n'étaient pas le problème. Le problème résidait dans les rats morts. Les puces voraces et affamées ont fui les rats morts tout comme les rats vivants ont fui le navire mort. Un gène a permis la survie de la bactérie dans l'intestin antérieur de la puce en bloquant la digestion. Frénétique à manger, la puce mord, avale, puis vomit le tout, accompagné de bouts de bactéries. Le gène entier était crucial pour déclencher la peste bubonique. Aujourd'hui, l'analyse de l'ADN permet de déterminer le moment où le entier Le gène a d'abord transformé une bactérie relativement bénigne de Yersinia pestis en le microbe le plus meurtrier de l'humanité.

Les origines de la peste noire : Yersinia Pestis et la Srubnaya

Découverte à l'âge du bronze du gène ymt , via Archaeology.com

En 1800 avant notre ère, un homme et son compagnon ont été déposés dans une tombe encadrée de bois. Positionnés prudemment en position semi-fœtale, ils se font face. À une époque et dans un lieu dominés par les nomades des steppes, les deux habitants des tombes, étiquetés par les archéologues comme RT5 et RT6, étaient issus d'une culture plus sédentaire, la Srubnaya . Ils habitaient une vaste zone entre le fleuve Dniepr et les montagnes de l'Oural, à environ 2000 km (1250 miles), et vivaient dans des maisons en partie creusées dans le sol, construites en bois avec un toit de chaume à forte pente. Comme leurs ancêtres purement nomades, la culture des catacombes et avant eux le peuple Yamnaya, les deux occupants de la tombe mangeaient principalement des produits laitiers et de la viande de leurs troupeaux et cueillaient des plantes et des graines sauvages.

Ils élevaient du bétail et des chevaux, les emmenant dans des pâturages éloignés pour paître. Contrairement à leurs ancêtres, lorsque les Srubnaya sont morts, ils ont été déposés dans des fosses bordées de bois. Ils parlaient probablement une langue indo-européenne, ancêtre de langues aussi diverses que l'anglais, le bengali, le russe, l'espagnol et le persan.

Habitation de Srubnaya de 1900 à 1200 avant notre ère, via Wikipedia

Au cours de leur occupation de 400 ans de la région, de 1900 à 1200 avant notre ère, le peuple Srubnaya a peut-être participé à une cérémonie d'initiation religieuse qui consistait à sacrifier des chiens. Sur la base du nombre, de l'état et de l'âge des restes de 64 chiens trouvés sur un site et du recours aux mythes indo-européens, il est considéré comme possible que des animaux de compagnie plus âgés et bien soignés aient été sacrifiés dans le cadre des rites d'initiation masculins.

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Si vrai, les chiens étaient une autre voie possible pour la maladie . Aujourd'hui, les chiens peuvent être infectés par Yersinia pestis , probablement en attrapant un rongeur malade, et ils peuvent contaminer leurs propriétaires. Ceci est pertinent car RT5 et RT6 sont morts de Yersinia pestis, et pas n'importe quelle variété ; la Y. pestis, qui, selon toute probabilité, les a tués, possédait le gène ymt. Ce gène était la dernière pièce du puzzle qui a pleinement activé la bactérie qui a initié la Mort noire .

Extrapolation Retour

Peste en Eurasie de l'âge du bronze , via Science Direct

Avant la découverte des vestiges de l'âge du bronze de RT5 à Samarie, en Russie, la première date connue d'un Yersinia pestis a été 950 avant notre ère à l'âge du fer . Mais la découverte de RT5 a fait plus que simplement ajouter 1 000 ans à l'existence de Y. pestis. Cela a également abouti à un arbre phylogénétique beaucoup plus détaillé, une construction similaire à un arbre généalogique mais pour les gènes. RT5 était étroitement lié à l'ancêtre commun qui a conduit à la fois à la Peste de Justinien et les souches Black Death, mais la souche RT5 est venue après l'ancêtre commun d'une souche en Chine totalement virulente et responsable de la peste bubonique humaine. Cela signifiait que les bactéries de 1800 avant notre ère n'étaient pas aussi vieilles qu'elles le sont. Les horloges moléculaires et l'analyse phylogénétique ont révélé que Y. pestis a probablement été pleinement capable de provoquer la peste bubonique depuis au moins 3000 avant notre ère.

La découverte de RT5 signifiait également que Y. pestis avait perdu son alibi de suspect dans plusieursfléaux historiquesavec des sources inconnues : le hittite la peste, une éventuelle égyptien peste et plusieurs références bibliques à la peste.

Yersinia Pestis, via Wikimedia Commons

Il y avait trois types de peste produites par Y. pestis , tous répandus pendant la peste noire : bubonique, septicémique et pneumonique. La peste bubonique s'est reproduite dans le système lymphatique, créant les bubons noirs caractéristiques qui jaillissent des ganglions lymphatiques. La peste septicémique a infecté la circulation sanguine. La peste pulmonaire infectait les poumons, était transmise par des gouttelettes d'air et était mortelle à 100 %. Inévitablement, le taux de mortalité incroyablement élevé l'a rendu moins courant. Les versions bubonique et septicémique étaient 30-60% mortel. Afin d'attraper les versions bubonique et septicémique, les bactéries devaient pénétrer dans la circulation sanguine ou le système lymphatique, ce qui s'est produit par une piqûre de puce, et pour que la puce morde, elle avait besoin du gène ymt.

L'autre Yersinia pestis

En attendant, autre Yersinia pestis variétés ont proliféré . Ces bactéries avaient les composants nécessaires pour rendre les êtres humains malades et peuvent même les avoir tués, mais de nombreux détails sont encore inconnus. Heureusement, la recherche est incessante.

De nombreux génomes sont accessibles au public en ligne. En faisant une recherche des génomes des fosses communes, le le plus ancien Y. pestis génome à ce jour a été trouvé dans les dents d'une fermière néolithique de 20 ans en Suède à partir de 4900 avant notre ère. La bactérie, bien qu'incontestablement Y. pestis , n'avait pas le gène crucial ymt. Sans le gène, la bactérie ne peut s'installer dans l'intestin antérieur de la puce et le microbe explose. Néanmoins, Y. pestis manifestement des personnes infectées sur l'ensemble du continent eurasien. La façon dont il a infecté les gens est encore inconnue, mais les hypothèses abondent.

Puce en micrographie par Robert Hooke , 1665, via Wellcome Collection

Les bactéries peut avoir été capable d'habiter l'intestin postérieur de la puce . Certains rongeurs d'hier et d'aujourd'hui sont un réservoir naturel de la bactérie, notamment les rats et les marmottes. Il est possible que les rongeurs se soient infectés lorsqu'ils ont soigné leur fourrure, en ingérant les bactéries des excréments de la puce. Si les rongeurs pouvaient être infectés par ingestion, alors peut-être que les gens le pourraient aussi. Bien que les peuples des steppes n'aient pas de tradition littéraire, les régimes alimentaires des peuples des steppes avaient été noté par Ammianus , un historien romain du 4ème siècle, et dit inclure une variété d'aliments, y compris, occasionnellement, des rats et des marmottes.

Une autre note de bas de page disait que les nomades ne s'arrêtaient pas pour cuire la viande mais la réchauffaient entre la selle et le cheval. Y. pestis est tué à 40 C (104F), donc la cuisson aurait tué les bactéries. Bien sûr, une preuve par ouï-dire par un historien biaisé basée sur un régime alimentaire 2 000 ans plus tard n'est pas une preuve, mais cela pourrait être un indice. Ce qui est clair, c'est que les gens ont été infectés d'une manière ou d'une autre et que cela n'aurait pas pu être par une piqûre de puce sans le gène ymt.

Conditions climatiques conduisant à la peste bubonique

Rat mort à cause de la peste, par Albert Lloyd Tarter , entre 1940 et 1949, via Wellcome Collection

En 1800 avant notre ère, la bactérie était amorcée pour une peste humaine; mais jusqu'à ce que le climat provoque une explosion de rongeurs, la bactérie vivait en équilibre au sein de son hôte rongeur. Les puces infectées mordaient les rongeurs, mais certains rongeurs ont acquis une immunité et ont survécu. Au fur et à mesure que de nouveaux rongeurs naissaient, beaucoup mourraient de la maladie, mais il y en avait toujours d'autres qui ne mouraient pas. En conséquence, il y a eu une trêve provisoire entre les populations de rongeurs, de puces et de bactéries, jusqu'à ce que le climat change.

Épidémies de peste dans les ports maritimes d'Europe Schmid, B.V. de, Introduction climatique de la peste noire et réintroductions successives de la peste en Europe, PNAS

Des études montrent que des printemps chauds suivis d'étés humides produisent une récolte exceptionnelle de rongeurs qui est en corrélation avec le début des pandémies de peste bubonique, y compris la peste noire. Au fur et à mesure que les rongeurs se multipliaient, les puces se multipliaient également, mais comme la nouvelle population plus importante était principalement composée de nouveaux rongeurs, le pourcentage de rats morts tués par la bactérie était beaucoup plus élevé que les années précédentes, ce qui entraînait beaucoup trop de puces affamées sans quoi que ce soit. nourrir.

Ils se lançaient sur n'importe quel animal à sang chaud. Le vaisseau de la mort est arrivé, amarré dans un port animé ; le pont jonché de cadavres de personnes; des rats morts cachés dans la soute. Les rats vivants se sont enfuis dans la ville pour mourir dans les murs, les planchers et les chevrons des entrepôts, des magasins et des maisons ; endroits dans lesquels les puces ont trouvé des souris, d'autres rats, des chiens, des chats, des chevaux et des personnes. Ce n'est que lorsque les rats étaient morts qu'ils sont devenus des foyers d'infection. C'était une question de timing.

Yersinia pestis et la peste noire

Les citadins fuient la peste noire vers la campagne , 1625, via le magazine scientifique

Le moment était également crucial pour que le gène ymt s'insère dans la bactérie. S'il avait été trop tôt dans le développement de l'humanité, le gène aurait peut-être été moins important dans son bassin naturel de rongeurs. Sans pour autant fortes densités de population d'un hôte de substitution, le gène pourrait avoir perdu de sa valeur pour l'organisme. Il faut beaucoup de ressources microbiennes pour exploiter un vecteur comme une puce ou un moustique. Il faudrait que ça vaille la peine pour les bactéries ou bien les bagages supplémentaires pourraient être perdus ou inactivés. Parfois, l'évolution fonctionne avec une devise 'utilisez-le ou perdez-le', en particulier dans les petits espaces chromosomiques des bactéries.

À l'autre bout de l'histoire, si le gène avait été acquis quelques milliers d'années plus tard, le microbe n'aurait pas trouvé d'êtres humains aussi accueillants. Les antibiotiques et les vaccins l'auraient attendu.

Comme il est apparu, Constantinople et ses routes commerciales, les plaques tournantes de l'Europe au Moyen Âge et les populations du XIXe siècle qui ont souffert de la troisième pandémie ont fourni juste l'occasion au microbe mortel de proliférer parmi un groupe de créatures à sang chaud abondamment amassées dans les villes. La entier Le gène, bien qu'arrivé tardivement, était juste à temps pour être utile à une explosion exponentielle de leur espèce lorsque le climat a changé.

Le timing n'était pas un hasard. Les gènes se sont avérés précieux pour le micro-organisme car le hasard a continué à lancer les dés jusqu'à ce qu'il touche le jackpot. Les bactéries ont tellement de façons d'acquérir des gènes et le font tellement plus rapidement que l'humanité qu'il était inévitable qu'un microbe finisse par gagner gros et que les gens perdent et perdent et perdent. Durant La mort noire , les gens ont perdu au moins 25 millions de fois.